В 1940 году командир отделения 120-го отдельного пулеметного батальона Гродековского укрепрайона Истомин  отобран кандидатом для поступления во Владивостокское военно-пехотное училище.  

В июне 1941 года лейтенант Истомин закончил училище по одногодичной программе обучения и  в том же июне принял под командование стрелковый взвод 113-го стрелкового полка Дальневосточного фронта. 

В феврале 1942 года убыл с маршевой ротой на фронт. 

Он воевал на Западном фронте почти два года был дважды ранен в 1943-м, но первую свою боевую награду медаль «ЗА ОТВАГУ», старший лейтенант Истомин - командир стрелковой роты отдельного лыжного батальона 290-й стрелковой дивизии получил только в марте 1944 года, в  боях за штурм одной из высот при наступлении дивизии в направлении Орши. 

«Его подразделение ворвавшись в траншеи противника отразило контратаку численно превосходящего противника. Товарищ Истомин в самые серьезные и ответственные минуты боя сумел удержать управление ротой и своим личным примером увлекал бойцов вперед на отражение контратак противника». За личное мужество и умелое командование ротой был представлен к ордену КРАСНОЙ ЗВЕЗДЫ, но решением командира дивизии награжден медалью «ЗА ОТВАГУ».

С лета 1944 года старший лейтенант Истомин служит в разведке, в должности офицера разведки 885-го стрелкового полка 290-й стрелковой дивизии. За « своевременную разгадку планов противника и его намерений при формировании рек Проня, Бася, Реста и Днепр. Организацию захвата разведывательными подразделениями полка 650-ти солдат и офицеров, среди которых один полковник и один подполковник» Александр Петрович был награжден орденом КРАСНОЙ ЗВЕЗДЫ.

В январе 1945 года разведчик капитан Истомин «…непосредственно управлял разведкой полка по уточнению данных о противнике на участке полка (Восточная Пруссия). С 22 января 1945 года Истомин лично со взводом пешей разведки при разведке слабых мест противника делал рейды в тыл противника для разрушения огневых точек и создания паники в тылу врага». За личное мужество капитан Истомин А.П. награжден орденом КРАСНОГО ЗНАМЕНИ.

27 апреля 1945 года, за 12 дней до ПОБЕДЫ отважный разведчик ушел в свой последний разведывательный выход.

«При выполнении боевого задания по разведке водного рубежа перед боевыми порядками противника капитан Истомин был тяжело ранен, но продолжил выполнять задание. Задание было выполнено в срок, полк получил ценные сведения и успешно форсировал водный рубеж в том направлении, где противник не ожидал».

За тот разведывательный выход капитан Истомин Александр Петрович был награжден орденом ОТЕЧЕСТВЕННОЙ ВОЙНЫ 1 степени, но уже ПОСМЕРТНО.

Боевой офицер умер от ран 29 апреля 1945 года в 291-м медицинском санитарном батальоне. 

Похоронили Героя у деревни Лептен провинции Бранденбург в Германии.